Os departamentos constam no próprio estatuto. Atualmente dois estão em atividade. O Departamento de Legislação Trabalhista, que realiza a negociação coletiva com as entidades sindicais representantes dos empregados da área e o Departamento de Convênio, que está em processo de preparação da negociação com os planos de convênios. Os departamentos são representados por todos os seguimentos, classificados como hospitais, clínicas e laboratórios .

As comissões são setoriais, composta por membros escolhidos entre o próprio segmento. Tem como objetivo fazer estudos técnicos e levantar dados e demandas que serão repassados para diretoria e/ou para os departamentos darem encaminhamento. Atualmente temos diversas comissões instaladas funcionando com encontros semanais na sede do SINDHOSPI, a exemplo da comissão de Laboratório, Oftalmologia, Radiologia, Hospitais e Fisioterapia.